首都医科大学三博脑科医院以博医、博教、博研为愿景，于2004年由一批神经外科专家参与创建而成。医院是集医疗、教学、科研为一体的现代化学院型三级医保定点神经专科医院，即是国家临床重点专科（神经外科）建设单位、国家现代医院管理制度试点医院、国家神经外科医师培训基地、国家药物/器械临床试验机构、国家医疗保障局异地结算医保定点医院、首都医科大学第十一临床医学院及神经外科学院三系，也是三博脑科医院管理集团的疑难病例诊疗中心、人才培训输出中心、科技创新和临床转化中心。
2026年1月26日，医院正式迁址北京市朝阳区东坝新院区并全面运营。该新院区是北京市重点建设项目、朝阳区“十四五”建设重点工程及中国国际服务贸易交易会“两区”重大项目，标志着医院发展迈入全新阶段。新院区总建筑面积约 63167.44平方米，床位从原有的256张，扩增到480张，涵盖普通病房、研究型病房和特需（国际）门诊，配备13间百级净化手术间（含有一间DSA复合手术间）及15张层流ICU床。在巩固神经专科核心优势的基础上，医院同步发展急诊科、疼痛科、康复科、中医科和眼科等配套科室，以“大专科、小综合”的定位，为全国患者提供更优质、全面的医疗服务。
